به گزارش مشرق، این تالاب یکی از  بزرگترین زیستگاه‌های طبیعی جانواران در ایران محسوب می‌شود و هر ساله پذیرای تعداد زیادی از پرندگانی مهاجر است که از سوی کشورهای همسایه شمالی به ایران می‌آیند. مشکل مهم تالاب انزلی آلودگی روزافزون آب آن است، چرا که تقریباً فاضلاب‌ تمام خانه‌ های مسکونی و اغلب  کارخانه‌ها و کارگاه‌های صنعتی واقع در اطراف تالاب به درون آن یا به داخل رودخانه‌هایی که به تالاب می‌ریزند سرازیر می‌شوند. از دیگر دلایلی که موجب تهدید تالاب انزلی شده، افزایش سطح رسوب‌ها که باعث کاهش عمق این تالاب شده و هم‌چنین تغییر کاربری اراضی حاشیه تالاب است. در همین حال فاضلاب گوهررود و زرجوب بعد از ریخته‌ شدن به رودخانه پیربازار، راهی تالاب انزلی می‌شود که وضعیت آلودگی مرداب انزلی را تشدید می‌کند.